Возможно, что аморты, а возможно, шток был не до конца вытянут и при сжатии пружины, которая не у всех сжимается без проставок на опорах Е39, гуляет пружина, но насчет звука, странно, конечно, так как такого звука быть не может из-за пружин, так как они с резиновыми кольцами и снизу и сверху.
А вот что пришло в голову, может при нагрузке три верхних болта подгуляли? Попробуй еще раз подожми верхние гайки опоры, что в салоне.
Я вообще то когда менял, проверял сразу амортизаторы, а после установки качал машину, чтобы подтянуть верхние гайки